Nastanak Vodica vezan je uz početak gradnje crkve sv. Križa kraj današnjeg hotela Punta, 1402. godine.Jedan šibenski zapis iz iste godine imenuje Vodice po prvi puta. U njemu se nalaže vodičkim kmetovima i težacima da moraju platiti za gradnju šibenske katedrale. U to doba obala je jako slabo naseljena, ima samo nekoliko kuća. Ovdje su pristajali brodovi, održavao se sajam. Razmjenjivali su se domaći poljoprivredni i zanatski proizvodi sa onima pristiglima na brodovima.
Ipak, Vodice su po nečemu bile fenomen: one su izvozile pitku vodu i to sve do kraja 19. stoljeća. Uostalom, razvile su se upravo na ovome mjesto zahvaljujući bunarima s boćatom vodom. Danas su na glavnom gradskom trgu očuvana dva kao spomen na tradiciju i stare običaje.
